私が卒業生で日本大学理系内部進学、昨年子供が日本大学理系に内部進学した者です。日本大学でどの辺りの学部を視野に入れているのかなどにもよると思いますしあくまでも私感である事をご承知頂いた中でのコメントになりますが、現在の日大基礎学力テストのシステムに於いてもやはり3年生最後の9月のテストが最重要である事は変わらないと思います。その中で2年の時のテストや3年春のテストが著しく結果が悪い場合はマイナス要因になるし、逆であればプラス要因になる感じだと思います。そしてこの日大基礎学力テストで希望各学部合格圏を得ている生徒は普段の成績も其れなりの生徒が大多数だと思います。内申がより関係してくるのは日大内部進学よりランク上の他大学指定校推薦などの方かなと思います。(医.歯.松歯.薬などは成績による出願規定あるかもしれませんが...)質問者様のお子さんがどの辺りの大学、学部、何系を目指しているかによって変わって来るとは思います。
日大基礎学力テストにて内部推薦合格するのと3教科受験で他大同レベルの一般受験で合格を勝取るのでは日大内部推薦の方が遥かに簡単ですよ。日大より
偏差値低いと言われる大学で良ければ9月には日大基礎学力は終わるわけだから其れからエンジンかけてもおそらく間に合いますし。本音と建前みたいな感じで内申は日大基礎学力での推薦に至っては建前位に考えておいて良いと思いますよ。まぁ何事も良いに越した事はありませんが。個人的にはせっかく日大の付属に入学したのですから先ずはその路で進む事をオススメします。