私の認識では在学中にトランスジェンダーの生徒はいなかったと思いますが、それはカミングアウトしていないだけで実際はいたかもしれません。ですが、トランスジェンダーだからだとかカミングアウトしているからといって扱いを変えるような先生はいないですし、他の生徒からいじめられるといったことも無いと思います。今はどうかわかりませんが、私が筑坂生の頃は、筑坂はいい意味で変わった人が多いので、自分と違う人がいてもそういう人もいるよね、くらいに思っていましたし、同級生もそのような考えでした。なので、LGBTの生徒がいても特に何も思わず、普通に関わっていたと思います。
制服に関しては私服が可能になっているようです(標準服は女子生徒でもスラックスを着用していると聞きました)し、トイレは多目的トイレがあるのでそちらを利用するのも一つの手だと思います。私の代の体育の授業では水泳はやらなかったので分からないです。音楽は芸術選択（美術・書道）なので受けないこともできます。筑坂は非常に親身な先生方多いと私は思います。「それなりの対処」がどのようなものなのかはわかりませんが、見放したり、差別をするようなことはないと思いますよ。身体的な男女の性差で我慢しなければいけないことも少なからずあるとは思いますが、心理的な面では最大限尊重してくれるかと思います。
受験時の作法については、学校側が質問者様がトランスジェンダーということを知らない場合には減点の対象になることも考えられますので、
面接時などのことついては直接学校に問い合わせた方が確実かと思います。
筑坂でたくさんの経験ができるように願っています。頑張ってくださいね。
