あんまり詳しくは分からないけど年間で50日以上休むとその年の内申点を使わずに受験できるそうです。だからといって特別不利になる訳でもないようなのでもしそれくらい休んでいれば申請できます。また50日未満の場合でも2次選考狙いでいけば全然可能性はあります。諦めないで頑張ってください！神奈総で待ってます！
上記の回答の方に補足致します。長文です。
公立中学ですと、長期（恐らく100日以上）欠席をした場合
『長期の欠席を理由とする選抜方法の取り扱い申請書（第９号様式）』
『長期の欠席を理由とする選抜方法申請書（第７号様式）』
『欠席状況証明書（第８号様式）』
と言う書面を中学から入手、記載し、中学で認定印をもらい、願書と共に高校に提出します。文書の内容は、2年の内申は参考にしないで下さい等、色々です。欠席理由は体の療養だけでなく、心の療養も含まれると思います（多分）。
私立中学の場合でも、これに準ずるものはあると思いますので、たとえ100日未満でも、早めに学校と相談した方が良いですよ。
また、2次選考（当日点8:
面接点2 ／募集人員の10%）なら、内申は関係ありません。
長文でごめんなさい。受験、頑張って下さい。
