理特についてしか知りませんが運動部でも特進クラスに入っても問題ないと思いますよ。そもそもクラスの半分弱は運動部ですし運動部に所属していてクラス内で上位の学力を有している人も多いです。
特進と普通クラスの違いはクラスメイト以外は月曜日の補習くらいしかないです。そしてそれも特進用のレベルの高いものかと言えばそうでもなく
国語に至っては普通の授業の延長で他のクラスより早く進んでもテスト範囲の調整されるので意味がないように思えました。
数学の補習は面白かったですが他は特に受ける価値があるようなものとは思えませんでした。その点では普通クラスで特進補習の分自習したほうが受験の為にはなるのではないかと思いました。つまり特進の利点はクラスメイトの学力が高めなのでモチベーションを保ちやすい事であり自分で積極的に勉強できるのであれば入る必要はないような気もします。実際特進も旧帝レベルから下位国立レベルまで幅広く逆に普通クラスで旧帝大や中堅国立以上を狙う人も珍しくないです。これが特進クラスの実情です。
特進クラスと言っても月曜補習が増える程度なので、本人次第です。完全下校が19時なのですが、部活によっては超過する場合もあるので、入部前に確認しておいた方が良いかも。
成績はトップクラス、部活も全国レベルが両立となると両立出来る人は極少数なので、線引きをした方が良いです。
家の子は中学は運動部でしたが、高校は文化部にしました。難関国公立大を狙っているようで、二年は理系特進にします。質問者さんも先ずは市立に合格出来るように、頑張ってください。