このケースは、前期に京大もしくは阪大に不合格になって、後期に神戸大に合格した場合ですね。難しい判断ですが、せっかく後期に合格したんだから、神戸大に進学したらどうですか? 前期に神戸大が第1志望の実力では、慶応や早稲田には普通は合格できないと思います。
「THE日本版ランキング2018」を見ると、大阪や関西の学校から進学する大学の順位がいかに高いかが分かる。
1位の東大・京大への進学者数では関西が他地域よりもかなり抜けてる。
関東の主要進学先である早慶は、阪大の2〜3ランク下でしかない。
https://japanuniversityrankings.jp/topics/00044/
後は東京での生活費用が4年で約1000万円、早慶理系の
授業料は国公立の3倍。
最終的には、ご家庭の経済事情によるでしょう。
将来どうなりたいかによるでしょう。
マスコミなどに就職したいのであれば、早慶、関西でゆるっと生きていきたいのであれば、神戸大学。
あとは
学費の面もありますし、仮に慶應大学などに通うと、周りには幼稚舎上がりもいます。
金銭的余裕によっても、選択肢は大きく変わるかと思います。