センター試験より前に進学する学校が決まった子達がハメを外して、センターを受験する子たちに迷惑にならないようにみたいな理由だった気がします。学校全体としてセンター試験に向けてがんばろう！と考えているのではないでしょうか。
まぁ抑止力ってこともあるとは思いますが、第一は子どもの将来的なところを考えたら「センター試験」のような独特の緊張感のある「場」を経験する必要がある、もしくは人生における財産になると考えているのでは？
正直指定校とかでのほほんと大学へは行けても次の就活や仕事場で厳しいような気がします。
専門高校（商業や工業など）なら指定校推薦で大学に行くというのは普通教科以外に専門教科を学んで、資格を取っているということで、納得できます。しかし、普通教科しか学んでいない学校が指定校推薦を使って大学を行くということはあまりいい印象ではありません。普通教科しか学んでいないんだから、3教科もない私立くらい試験勉強して自分の力で行けるでしょと思ってしまいます。定期テストだけ頑張って点数を取って、どれだけのことが身についているのでしょうか？テスト終われば忘れてしまっていると思います。センターを一緒に受けたとしても本気度も違いますし、それほど点数取れないのでは。
「3教科もない私立くらい試験勉強して自分の力で行けるでしょ」
うーん、本当にこういう誤解が世間には多いですよね。
受験科目が多いと負担というのは嘘っぱちです。
いわゆる「一般入試」の難易度は面積の計算と同じです。ヨコ（科目数）×タテ（要求されるレベル）の積で負担や難易度が決まるのです。
たとえ７科目でも要求されるレベルが浅ければ負担は軽く、難易度も低くなるし、３科目でも要求されるレベルが高ければ当然、負担は大きくなり難易度も高くなります。
ただ、そういう意味でいえば、国公立は「入りやすいわりにオトク」な場合が多いのです。同じレベル・負担の私立と比べたとき、国公立のほうが「企業受け」しやすく、「世間体」も良いからです。
なので、おなじレベルなら（河合塾の
偏差値でおなじくらいなら）国公立を目指すほうがオトクです。
