横須賀学院高等学校 - 神奈川県 私立

指定校推薦も使うことはできると思いますが、S選抜は基本的に一般受験に備えたカリキュラムが練られています。たしかS選抜の授業は高校範囲の勉強を早く終わらせて受験対策に力をいれるような流れで進んでいくと聞きます。そのため科目数や授業の進みも早く、尚且つテストも難しく点が取りにくいので、指定校推薦を狙いたいのでしたらA進学の方がいいんじゃないかと思います！
それと青学のことですが今年の推薦はほぼ全員内部生がとっていました。でも青学以外の大学の指定校推薦はみんな平等です。たまにその他の大学も内部生が優先されるとはったりを言う先生がいますが安心してください！

結論から申し上げると選抜コースでも内申基準や欠席·遅刻回数など問題無ければ、指定校推薦で進学する事は可能です。
ただし、選抜コースは一般受験で国公立·難関私立大を目指すためにカリキュラムを組んで一般受験のための勉強合宿を行なったりしています。そのため授業のレベルはかなり高いものとなり、内申を取るのが一般コースと比べて難しい状況となります。
しかしながら選抜コースから青学へ指定校推薦で行った人も居るので不可能ではありません。難しいだけです。

青学への指定校推薦を考えられているとの事なので、それに関してお話させて頂きます。まず、上の回答者さんが言っていたように確かに青学への指定校推薦は内部生から優先的に枠を取られ、その余りが外部生、つまり選抜コースや一般コースの生徒に回ってきます。（確か3年の夏休み明けて少し経った頃に掲示されます）

もちろん内部生にも推薦される基準があるので、その年によって外部生に回ってくる枠は変わります。質問者さんの代は多く回ってくると良いですね。

とにかく選抜コースでも指定校推薦は取れます。ただし容易ではありません。出来るだけ高い内申点を取れるように心掛けてください。