仮に３年生で40取れたとしても、80＋29で109、二次選考になるのはほぼ間違いないと思うので、学校の内申を取ることよりは当日のペーパーテストをしっかり取れるように注力した方がいいのかなと思います。
模試を受けて、自分の苦手分野をハッキリさせて、苦手を潰しにかかってください。本気になれば間に合います！
横からスミマセン、二次選考のルールを見直してみましたが、質問者さんの状況から（一次選考の基準で90%を合格させた残りま10%を選考する）二次選考に回るって現段階から断定できるものなのでしょうか？
https://www.eikoh.co.jp/koukoujuken/column/c2031/「観点別評価項目の1つ「主体的に学習に取り組む態度」の評価（ABCの3段階）が使われます、対象は3年次の9教科で、A＝3点、B＝2点、C=1点に換算し、27点満点です。計算の仕方は1次と同様ですので、計算してみましょう。」
三年の主体的を取らないといけないので、今の時点ではっきりと断定できませんね。ですが、質問者さんはまだ二年生とのことなので、これから本気で主体的を取りに行けば可能性はあります。頑張ってください！
