私立では各地域や中学校によって差がありますから中学校の内申はほとんど関係ありません。
毎年1月初旬にある中学校から高校への事前相談ですが、中学校からは実力テストの成績を持って行き高校はその成績で判断します。
夏休みくらいから多くの高校が集まって開催される合同説明会や各高校の説明会などがありますから、その機会でしたら、親や本人が直接高校の先生に色々と受験や高校生活のことなど尋ねることができると思います。
五木の
模試などを受験されると成績がわかりますから、私立高校の先生はその成績を参考にしてアドバイスされると思います。
ただ、不登校の原因が何かによって環境を変えれば解決するものかということを見極めなければならないと思います。
他校ですが、中学校で不登校のお嬢さんが高校で女子校に入学されたのですがフォローもほとんどなく結局退学されたケースもあります。
高校に入学されたあと、何かあった場合のフォローもしっかり聞かれた方が良いかと思います。
高校では出席日数の3分の1以上休んだ時点でテストも受験できなくなり必然的に単位を取得できず留年ということもあります。
その点では義務教育でない高校はシビアです。