ネームバリューで選んだりサポートが手厚いから選んだりする、そういう選択の仕方ではなく、「○○の研究をするのに、このカリキュラム(研究室)があるから選ぶんだ」という「想い」こそが大切だと思います。それに、東京大学専門の(優遇された)コースがある、というわけではなく、入試形態やレベルに普段の授業が適応しきれていないからAコースと分けた、が正しい解釈だと思います。(個人的な見解ですが)
最終的にはあなた様の意志決定になるので、よくよく考え抜かれて悔いのない進路選択をなさってください!
ご存知かも知れませんが、東大文系は社会2科目京大は1科目です。科目負担がそもそも違います。
また文理共に東大は
国語に漢文の記述問題が出ます。また
英語も同様に京大にないリスニングが試験開始後40分で実施され、要約、文法問題、自由英作文とかなり忙しく時間がありません。
数学も試験時間を考えると東大は時間の余裕がなく、全ての教科で処理能力が要求されます。
東大は受験者層のレベルの高さもですが試験の内容もハイレベルですので
過去問などを参考にして自分に合ってるか考えてみてはいかがですか。