質問者さんからすれば、大分先の話になるかもしれませんが、自分自身、後悔の念が強く、回答させていただきます。
私は、この高校を卒業した後、旧帝大理系に進学し、右往左往しながら東京一工の生物系の大学院に進学しました。しかし、研究室のパワハラにより、研究そのものが嫌いになり、文系職の就職活動を行いましたが、多忙によりこれもうまく行かず、体調を崩す次第となりました。
この状況から、過去に戻れるならば、安易に理系を選択するのは思いとどまるべきだと自分に伝えると思います。
完全に所感にはなりますが、忙しさが異なります。ざっと文系学部の履修にかかる時間を1とするならば、理系の場合2(環境系など)~5(有機化学系, wet系の生物系, 医学系など)倍は厳しいです。
大学は単に勉強する場所ではなく、アルバイト、サークル・部活動、
クラスの恋愛等の人生を彩るようなイベントが多く存在します。さらにこのエピソードは、就職活動では非常に重視されるため、就職第一で考えるならば学業よりもその他の楽しみに時間をかけたほうが正直効果的です。しかし、この時間はあくまで(大学生活全体の時間)-(講義や研究室ゼミ等の時間)であるため、後者の比重の重い理系は必然的にかけられる時間が少なくなります。
さらに問題なのは、研究室と就職活動の時期が重なることです。いわゆる就職活動は4年生または修士2年の6月と言われています（とはいえ実際はその半年前頃にはとっくにみんな始めています）が、がっつり時期が被ります。研究室がホワイトならばなんとか問題有りませんが、ブラックならば目も当てられません。就職活動に時間がかけられず、はっきり言って自分の学歴に見合わないような企業にしか内定を取れない可能性も十分に存在します。
散々理系のネガティブキャンペーンを行ってしまったので、理系の利点も箇条書きでお伝えしておきます。
・物事の道理などを追究したい人にとっては楽しいことこの上ない
・脳を使う機会が多いのでいわゆる左脳的な頭は良くなる
・研究職に就職する場合は必須（就職の幅が広い）
・
偏差値的な意味で何か上のように思われがち
追記
ここまで書いてしまいましたが、周りの理系の友人たちはここまで惨憺たる結果になっている人はごく僅かです。ブラック学部、ブラック研究室を避け、適性をしっかり見極めれば学生生活は全然問題ないと思います。
このような駄文・長文をお目通し頂いた上、お褒めの言葉まで、大変恐縮です。
高校生の今の時期から将来に関しての志が高く大変感服するところです。
薬学？でしたら九大ではありませんが、偶然にも相当する学科を卒業しました。
個人的な意見にはなりますが、Q&A＋補足で回答させていただきます。
Q就活時期
A最近インターン（企業が行う就活体験）が採用直結になったみたいで、むしろ更に早くなるかもしれません。大事な学生生活をさらに就活に割かざるを得ない状況って本当にひどい話ですよね。
Q研究室がブラックかホワイトか
A
労働面→ホットor泥臭さがものを言う分野かどうか（例えば有機化学系はどうしても実験量が結果に結びつく分野です、頭の良さも大事ですが泥臭く手を動かせるかのほうが重要かもしれません）、論文投稿頻度、コアタイムの有無
精神面→休学(留年)者の有無、イベント頻度、単純にボスの性格が合うか、分野に興味を持てるか
他にもあるかと思いますが、以上が指標になるかと思います。
結局自分が何となくその研究室にfitするかどうかが最重要ですが、薬学だと有機、生物(臨床)、薬理・薬剤学等、基本的には他の学部と比べブラック要素は強めです。
完全に余談ですが、自分が薬学を選んだ一番の理由は、「何かカッコ良さそうだし頭良さそう」だったからです。（本当に信念があるならばこのような辛苦も全く耐えられると思います、周りが実際そうです、自分は辛かったです…）
Q他大学院のアドバイスはあるか
A意外にも、内部生の総数よりも大学院の受入人数の枠は多いことがあります。
いわゆる日本トップの東○大学でも内部生の1~2倍の人数を受け入れている場合が多いので、その分、学部入試と比べると難易度は落ちています。
勉強面に関しては正直なところ、学部の勉強を真面目にやっていればある程度合格可能性は高いです。
ただ、その大学の教授が試験問題を作るので、どうしても問題形式や出題傾向になじみがあり、かつ
過去問解答集の共有がなされている内部生はほぼ確実に合格します。
しかし結局空いた枠を外部生が取り合うので、合格するかどうかは自分次第なところです。
しかし、ほかの旧帝大ではそこまで枠がなかった印象なので、上記の話は適用されないかもしれません。
ただ、所感では枠も結構柔軟に増やしたりしていますし、競争率も大してないので、結局受け入れ先の研究室がOKをだして、合格点に達していれば全然合格できるため、実際の合格率はそこそこ高い気がします。
※補足
製薬企業の研究職の場合、いわゆるガクチカよりも学部&修士の研究内容(実績)のほうが重要な気がします。
幸いにもほとんど同じような内容で他大学に進学できれば良いですが、学部と大学院で別のテーマやって中途半端になるならば、内部進学の3~3.5年で自分の研究内容をガチガチに固めてから就活に望んだほうがいいかもしれません。
みなさんが思うほど学歴ってそんなに重要ではないです。
大事なのは、どのような大学でも真面目にひたむきに知識とデータを積み重ねていけるかですね。（あとは本番で自信を持ってその知識を披露することができるか）
以前の投稿で、理系という大きな主語でネガティブキャンペーンをしてしまったのはあまりにも早計でした。
理系全体でみると、ここまで言うようなブラックな環境は少ないですし、実際は大したことない場合が多いと思います。
ただ、分野に興味が無くなったり、研究室特有のアカハラ等で身体を壊す可能性もあり、人生を方向転換して全く別の分野に就職することも十分に考えられます。
はっきり言ってコスパ悪いです。
このような状態に陥り、理系で就活に時間を割けられず声の覇気も徐々に失われ自信がなさから就活を失敗するより、文系で大学を存分に楽しんでポジティブなオーラ全開で就活に時間を大量に割くほうが数倍良く感じます。
（たらればなので、また別の悩みが生じる可能性はありますが）
そのようなリスクが存在する中、何も深く考えず安直に艱難辛苦（言い過ぎかもしれない）に突っ込むのような、まるで過去の自分を想起させる選択を行う人が現れる可能性も、またどうかと思うので、投稿をさせていただきました。
（↑は文理の選択に加え、学部選び、研究室選びも含まっています）
スレ主さんの本来の趣旨から逸脱して、またもや長文の投稿を行う結果となり申し訳有りません。
参考までによろしくお願いいたします。
追記
書いていて思ったのですが、結局文系就職が最終目標ならばって話ですね。
結局人によって目標は異なるので、本当に一例として参考までにお願いします。
