私自身が推薦入試を利用したわけではないので最終的にどうやって決めるのかまでは分かりかねます。ただ、本人がどうしてもというのなら断ることはできないものの、一般入試で合格できる見込みが十分にある生徒はなるべくなら推薦入試の利用を控えて欲しいという趣旨の話を先生方からされたことは記憶しています。
つまり、学校側としてもできることなら一般入試では厳しいかもしれないという生徒に推薦入試の枠を使ってあげたいということではあるのでしょう。しかし、だからといって成績優秀な生徒の推薦を拒否してその生徒が一般入試で不合格になっては元も子もないので、あくまで本人の意思に任せるというスタンスだったと思います。
因みに、一般入試の難易度比較は、
東大理一・理二>>京大理・工>>慶應理工=東工大>早稲田各理工>>阪大理・工・基礎工>名大理・工>>東北大理・工>北大総合入試理系>九大理・工・芸術工
ですから、指定校推薦の慶應理工は学歴的にかなりのお買い得です(
学費がクリアできる家庭の場合)。
東大・京大・東工大に現役合格する自信が覚束なければ、超オススメの選択だと思います。
大学院は、国立の東大や東工大に進むことも、慶應理工なら十分可能ですよ。