具体例が少なく、ただ漠然としてるので・・・
お答えし兼ねますね
２年前に卒業したものです。まず初めに、本校に限らず推薦入試を比較的しっかり利用する高校というものは、推薦入試を「普通に受けたら合格できないやつ」を合格させるために利用するという事を理解しておいてください。本校のように田舎にある高校は特に、進学実績が直接その高校の評価につながります。そのため高校はどのような考えに至るかというと、推薦入試（特に指定校が顕著です）を受けようとする生徒のうち、一般入試を受けて受かりそうな学力を持つ生徒は推薦入試させようとせず、逆に一般で受けたらギリギリ以下で落ちそうな生徒を、ある種簡単に合格実績を水増しできるコマとして考えて推薦しようとします。そのため質問者の過程で話を進めるのであれば、優秀な実績を納めている云々に関わらずBの方を推薦すると感がるのが自然です。ただし、推薦される最低基準は存在します。推薦入試はいわば、（指定校の場合は特に）その高校の看板を利用して合格差させにかかるわけですから、あまりにも基準から外れた生徒を推薦するわけにいきません。あくまで基準に近くでかつ一般で受けたら落ちそうな生徒を推薦する、という事です。そしてその基準からあまりにも外れて成績が良い生徒が水栓を利用しようとした場合もまた、普通に受けさせるかそれ以上の大学を受けさせる事で高校の合格実績を良くしようとするので、推薦を利用させてもらえません。
なので、推薦入試というものは質問者様がおっしゃっているような単純な成績や実績の比較ではなく、その高校の広報戦略に沿って選考が行われる、「大人の事情」に忠実なものだという事です。
質問者様がこの回答を通じて、少しでも受験に関して正しい知識を得ていただけたら幸いです。
１つ上の方へ
詳しいご回答ありがとうございます。
もし学校の成績が上のAさんが自分の方が成績が高いのにと不服申し立てしても、学校はBさんを推薦して問題無いのでしょうか？
個人的には大変厳しい推薦条件をより高い実績でクリアすることの方が学校の成績が良いことよりもはるかに困難であり、合格確率も高まるという点でもBさんを推薦する方が合理的だと私も思うのですが、あくまでも学校は成績基準という建前を優先しそこでスパッと切るものなのか素朴な疑問があり質問させていただきました。
また、教えていただいた内容は私立大ではなく、難関国立大にも当てはまることなのでしょうか？私が見た某国立大の推薦条件は大変困難で、それを目指す生徒さんが「一般入試を受けても絶対受からなそうな方」とは思えないのですが…国立大だと話は違ってきますか？
入試知識が無いので、もし変な事を書いていたらすみません。
追加でのご質問ありがとうございます。東大などのような難関国公立の推薦となると話が変わってきます。細かいところは各大学の入試要項（推薦入試）を参照していただきたいのですが、難関国公立の推薦入試となると、学校としての推薦というよりその生徒自身が自分を売り込む形で推薦するので、学校の成績より圧倒的に光る個性や実績の方が優先されます。小耳に挟んだ話ですが、東大の推薦入試の１期生で一人、PSvitaでゲームを開発して販売した実績を元にプログラミングやマーケティング能力を売り込んで合格された方がいらっしゃったようです。このように難関国公立の場合は、推薦入試の方式にもよりますが学校の成績より本人の実績が重視されます。ただし、このような国公立の推薦入試は、ものによっては共通テスト（旧センター）の受験が必須であったり、独自の筆記試験を課すところもあるので、学力がなくても受かるわけではないことは注意していてください。
一つ目の質問についてですが、もし仮にAさんが自身の成績を元に不服を申し立てたとしても、学校側からBさんを選んだ基準や理由を開示する義務がないため意味がないこととなってしまいます。学校側としては「推薦を応募した人の中で、成績・人柄などをもとに高校の代表としてふさわしい人」を選んだとして推薦入試（特にこの場合は指定校推薦）に出す人を選ぶとしています。しかし、その「高校を代表する人としてふさわしい人」を選ぶ基準が曖昧かつ、その基準を明示しているわけでもないので（当然内情を明示することはできないわけですが）、もし仮にAさんが不服を申し立てたとしても、その基準が教員内しか知らない以上その申し立てが通じることはないということです。言い方が悪いですが、学校側はどうとでも言い訳できますから。逆に言えば、学校側が「この生徒が成績・その他実績ともに最も優秀な生徒でした」と大学側に言ってしまえば、大学側はそれ以上を知ることはできないので何ら問題はないと言えます。（倫理的問題などはあると思いますが）
実際には、推薦の意思のある生徒の中で「ある程度言い訳のできる実績（部活ちょっとがんばったとか、何もなかったら勉強の成績がいい人が選ばれなかった際に言い訳ができない）以上があって、かつ成績がギリギリ合格に至らないレベル」の人を推薦する場合が多いという基準を元に考えれば、私立の推薦、特に指定校推薦は実績が重要です。
質問に対して回答になっていますでしょうか？また何かありましたら追加で質問ください。
あくまで個人の感想ですが、公募推薦など事前準備と受験が必要なものとちがって「指定校推薦」という制度で大学進学するのは結構なリスキーですよ。
実際に受験すればわかりますが、中学や高校受験と全くちがいます。将来のことを具体的に想定することからはじまり、出願から受験、合否判定の受け止めまで、一連の過程で大きく成長できますから。
指定校推薦を使ってしまうとこのチャンスを自ら手放すことになっちゃいます。
不合格はネガティブな事象であることは間違いありませんが、同時に自分の見つめ直しや飛躍のチャンスというポジティブなものも含んでいます。
大学受験という「失敗が許されるイベント」だからこそ思い切ったチャレンジもできる、その千載一遇の成長のチャンスを自ら手放すのはもったいないよ、と個人的には思います。
浪人をしようがしまいが、自力で志望大学を目指すのが正論だがね。
