自分のお話が参考になるかどうかは解りませんが、不登校ながら鶴丸に進学し九大を現役卒業した経験としてご参考くだされば幸いです。平成初期の卒業生です。中3で成績はクラスで1−2番でした。受験が近づいてきた七月ごろから、クラスの誰もが自分と話をしなくなり、登校するのが嫌になり、2週間ほど不登校を続けました。両親の理解があったので、いじめがあるなら無理して学校にいかなくていいという父母の優しい考えに甘えて自宅で自己学習を続けていました。教育社のトレーニングペーパーという独習教材を真面目に五科目勉強しとけば、どの試験でも九割以上取る自信はあったので、自分を嫉む輩と顔を合わせずにすむならと不登校を続けたのです。担任が心配して激励に来てくださいました。私は、来たい時だけクラスに来ればいいという担任の励ましに支えられて休んだり休まなかったりしながら、そのため授業日数はぎりぎりセーフだったと覚えていますがテストの点数は定期考査、校内実力、対外
模試いずれも九割以上で鶴丸の合格圏内に留まっていました。職員会議でも問題にされていたようですが、担任の後押しとご協力もあり鶴丸高校を受験させていただくことになりました。結果は合格でしたね。今の時代との比較は簡単ではないとは思いますが、自分の経験からは不登校でも成績が良くてテストで合格点を取れば大丈夫だと思います。点数は高いに越したことはなく、ギリギリだと内申書で落とされる可能性があります。中以上を目標にされれば安心ではないかと思います。
ああそれと今はコロナ時代ですから、social distanceは当然、オンライン授業は合法だと思います。自分のような甘えの不登校ではないので内申点にあまり悪い影響はないと思います。